1553 körül született Székelyudvarhelyen, erdélyi fejedelem.
Báthory István erdélyi fejedelem megválasztását követően a fejedelem oldalán harcolt a Habsburg-pártiak ellen. Radnótnál kardját a foga közé fogva átúszott a Maroson, majd két ellenséges katonát leterített, ami miatt a Bekes Gáspár oldalán harcolók megfutottak. Ezért a tettéért Báthory kinevezte az erdélyi fejedrlemség testőrségének parancsnokának. Báthory hadnagyaként érdemeket szerzett. Követte Báthoryt Lengyelországba is, ahol a magyar gyalogság parancsnokaként végigharcolta a király orosz hadjáratát. Tetteiért a király Szentelt lovagjai közé emelte. Báthory István lengyel király oldalán 1576-tól 1582-ig harcolt Oroszország ellen egy székely dandár parancsnokaként, majd Rettenetes Ivánnal kötött béke után hazament Erdélybe. Báthory Istvánnak köszönheti, hogy a sófalvi sóbánya kamaraispánja lett, de emelett Siménfalván és Lövétén jelentős birtokokat kapott.
Báthory Zsigmondtól nemesi címet kapott, habár mint székely ember eleve, mint minden székely, nemesnek számított és földadományt kapott. Báthory Andrásnak, majd Mihai vajdának lett fővezére. 1601-ben szembefordult a vajda és Basta tábornagy rémuralmával; előbb Báthory Zsigmondot igyekezett a trónra visszahozni, majd a goroszlói csata után maga állt a császárellenes párt élére. Ekkor vette fel a fejedelem címet is.
1603-ban török segítséggel tört Erdélybe és kiverte a császári seregeket, azonban még ebben az évben Brassó mellett (július 17-én) elesett a Basta seregei ellen vívott csatában. Levágott fejét Radu havasalföldi vajdának vitték, testét Michael Weiss brassói bíró titokban temette el saját kertjében.
A székely zászló
A 16. század végéről fennmaradt zászlók egyöntetű tanúsága szerint, az arany-égszinkék-ezüst kimondottan székely szimbólumszínek. Ugyancsak a XVI. század végéről fennmaradt zászlókról ismert a csillagos változat.
A jelenlegi, Kónya Ádám által javasolt a Székely Nemzeti Tanács által használt zászló és lobogó az a fejedelem, 1601-ből ismert névjeles zászlaja (égszínkék mezőben arany csík) alapján készült, a névjegyet a székely szimbólumokkal (Nap és Hold, a Nap csillagváltozata) helyettesítve. Így a nyolcágú Nap-csillag számunkra a jelenlegi nyolc székely szék (Marosszék, Udvarhelyszék, Gyergyószék, Csíkszék, Miklósvár-Bardócszék, Sepsiszék, Kézdiszék, Orbaiszék) egységének is a jelképe, a telőben levő Hold pedig a székely hitünk és reményünk, bizakodásunk szimbóluma.
Székely Mózes zászlója 1601. augusztus 3-ia goroszlói csatában szerepelt. Később ezek a zászlók a csata elvesztésével "fogságba" kerültek és a akkori Habsburgok fészkébe, Prágába kerültek. A zsákmányul esett 130 erdélyi zászlót a Turul folyóirat 1891. évi 1. sz. füzetében, ahol Mika Sándor: Erdélyi hadi zászlók 1601-ből címmel jelent meg.